单拷贝还是多拷贝

如何确定基因组中的某一目的基因是单拷贝还是多拷贝 如4.5S RNA基因 谢谢 还有关于4.5s RNA 的资料你可以详解一下吗？

惭愧啊，伶仃一看到这个4.5S RNA，还真不知道是啥了，翻书5min未果，只好求助于网络。
NCBI上用Gene数据库查了一下，发现这个东西还有个基因名字叫ffs，而且好多都是在细菌物种里出现的，随便选了一个物种的基因组（NC_004757），用ffs基因的nt序列跟基因组blast了一下，结果只有一条比对结果，至少在我选择的这个物种上，该基因应该是单拷贝的了。
说到这个单拷贝俺跑个题，“如何确定”是“单”是“多”俺还真没想过，不过俺的第一反应是PCR，然后就是实时荧光定量PCR，再然后就是找几个可以确定是单拷贝的基因（参照基因），设计几对这些基因的PCR引物，同时设计一对目的基因的引物，保证各个扩增退火温度接近，产物的长度、GC含量等比较接近，然后就做定量PCR来对比吧，用同样的DNA提取液分成多份做平行实验，比较同一时刻的荧光强度（也就是产物浓度了），如果是接近1：1，就是单拷贝，如果是1：n，就是多拷贝，最佳结果是几个参照基因结果一致，否则就要检查一下是否有参照基因不是单拷贝的，或者扩增效率之类的问题,反正就是找原因解释清楚就是了。大体就是这样一个思路，希望有用吧。至于具体的操作，俺不清楚，4年没做过实验了，看实验技术的SOP应该就可以了吧。
再扯回来，关于那个4.5S RNA基因，俺勾勾了一下，大概的结果如下：4.5S RNA（一百多碱基长，E.coli的是114nt，保守）和ffh蛋白共同组成大部分真细菌的SRP（信号识别颗粒），真核和古细菌的要复杂些，而且4.5S好像被7S替代了（说到7S和SRP俺总算有印象了，原来就是scRNA嘛）。SRP的受体是FtsY蛋白，它们一起引导蛋白在内质网或细菌质膜上定位，而4.5S RNA与催化ffh-FtsY复合物的装配和分解有关。06年有个冷冻电镜模型认为，4.5S RNA远离核糖体的缩肽出口，并在72nt附近卷曲30度角，它跟一个暴露的信号锚序列一起结合在ffh蛋白的M域（就是C端），在ffh跟FtsY或核糖体相互作用时，ffh和4.5S RNA都发生了构象变化。大体的意思就是，这个4.5S RNA有催化作用，其催化能力的来源就是构象变化（貌似都这样哈）。再具体的你自己看paper吧，俺晕了。补充一句，那个SRP不是每个细菌都必须的。

参考资料：
http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/sci;288/5471/1640
http://rnajournal.cshlp.org/content/15/1/44.full

进化过程中，高等生物的基因组会发生大量重复。这些重复DNA序列有的继续发生进化歧异，成为与原来序列不同的新基因；有的以结构和功能仍基本相同的形式保留下来成为多拷贝基因。如为rRNA和tRNA编码的基因就是典型的多拷贝基因。人的一个细胞中约有200个rDNA拷贝。还有组蛋白基因，免疫球蛋白基因等都是多拷贝基因。重复频率在10^5次以上（也有人认为是数千次或百万次以上）的称为高度重复序列。 有的DNA序列，在基因组中并不是只有一份，还有很多它的复制品，又称拷贝，它们的序列完全一样，多存在几份是为了转录RNA的时候速度快些，因为有些基因表达量大，需要快速的产生很多RNA,就叫“多拷贝基因”。 组蛋白基因、免疫球蛋白基因、tRNA基因、rRNA基因属于多拷贝基因。 人类DUF1220的拷贝有212个，而猩猩有37个，猴子只有30个。小鼠和大鼠都为单拷贝。研究者在很多地方发现这种蛋白，包括脑部神经元。这说明了某些基因的多拷贝现象与生物进化的关系。 ‍大多数情况下，结构基因在细菌染色体基因组中都是单拷贝，但是编码rRNA的基因rDNA也是多拷贝的，这样可能有利于核糖体的快速组装。