夫妻双方的DNA基因是不完全相同的,否则就没有亲子鉴定,但问题是按照碱基配对原则两条链应该是一样的,

如果不是完全配对,那么DNA两条链没有配对的链段是怎么存在的?

说基因不同，指的是DNA双链上的碱基序列不同。细胞内的DNA以双链形式才能稳定存在，同时，因为人有两套染色体（从父母双方个得到一套），所以每个基因都是有两个等位基因存在的，也就是说这两条DNA双链是不一样的，而不是楼主理解的按照碱基互补配对原则两条链是一样的。。。。。。这些基因以及一些不是基因的DNA序列区段的特异性是亲子鉴定的基础。
楼主可以再细细的读一读细胞分裂，有性生殖那块的内容，我觉得对想明白这个问题有帮助。

你理解错了吧，并不是夫妻双方各出一条单链来配对的

是同源染色体的分离配对，并不是子代DNA的两条链一条来自父方，一条来自母方，确切的说，是子代染色体一条来自父方，一条来自母方。

你好！ 正是因为父母的基因不一样，才会有等位基因，aa的问题~~~父亲给你一套DNA，才会有AA，Aa，母亲给你一套DNA亲啊~~~你说的碱基互补配对是针对的一个DNA分子的两条链~~~ 而你说的父母各给你的是一个DNA分子而不是DNA分子的一条链~~~父母给你的DNA是同源染色体问题 我的回答你还满意吗~~