如何找到靶基因上游的转录因子

如何找到靶基因上游的转录因子

可以先预测一下该基因的promoter上潜在的转录因子结合位点。这应该有专门的软件可以分析。然后也可以做个转录因子芯片检查。没做过啊，只是看见文献上有这么做过。

转录因子一半都结合在被调控基因的promoter区域，你可以做一个chip-seq实验，然后在基因组数据库中定位这些与该转录因子结合的dna区域，那么这些区域的下游附近的基因就很可能是受该转录因子调控的基因。然后在针对这些疑似基因做转录因子ko之后的该基因mrna水平检测（realtimepcr）确定是否受其调控。