如何看全基因表达谱基因芯片分析结果

如何看全基因表达谱基因芯片分析结果

当人类基因体定序计划的重要里程碑完成之后，生命科学正式迈入了一个后基因体时代，基因芯片(microarray)的出现让研究人员得以宏观的视野来探讨分子机转。不过分析是相当复杂的学问，正因为基因芯片成千上万的信息使得分析数据量庞大，更需要应用到生物统计与生物信息相关软件的协助。要取得一完整的数据结果，除了前端的实验设计与操作的无暇外，如何以精确的分析取得可信数据，运筹帷幄于方寸之间，更是画龙点睛的关键。�0�2基因芯片的应用基因芯片可以同时针对生物体内数以千计的基因进行表现量分析，对于科学研究者而言，不论是细胞的生命周期、生化调控路径、蛋白质交互作用关系等等研究，或是药物研发中对于药物作用目标基因的筛选，到临床的疾病诊断预测，都为基因芯片可以发挥功用的范畴。�0�2基因表现图谱抓取了时间点当下所有的动态基因表现情形，将所有的探针所代表的基因与荧光强度转换成基本数据(rawdata)后，仿如尚未解密前的达文西密码，隐藏的奥秘由丝丝的线索串联绵延，有待专家抽丝剥茧，如剥洋葱般从外而内层层解析出数千数万数据下的隐晦含义。�0�2要获得有意义的分析结果，恐怕不能如泼墨画般洒脱随兴所致。从rawdata取得后，需要一连贯的分析流程(图一)，经过许多统计方法，才能条清理明的将rawdata整理出一初步的分析数据，当处理到取得实验组除以对照组的对数值后(log2ratio)，大约完成初步的统计工作，可进展到下一步的进阶分析阶段。

下一步可以先进行基因差异表达的分析，获得差异表达基因，再选择其中自己所要研究的基因进行下游分析。软件有很多，推荐一个开放源的语言：r 语言和bioconductor